典型的传统细菌计数方法两大不足之处
典型的传统细菌计数方法主要有平板计数法和最大或然计数法(MPN法)等等，这些方法均在固体或液体培养基中对待测菌种进行培养，然后根据培养后显现出的宏观结果(例如菌落密度(平板计数法)、液体培养基的显色情况(MPN法))来判断原始样品中的活菌浓度。这些方法普遍存在以下两个最主要的不足之处。
(1)培养时间长。细菌对培养基的适应以及细菌的生长繁殖都需要一定的时间，所以产生可观测到的结果需要较长的时间，通常在24 h以上甚至一周左右。
(2)培养条件对结果影响大。传统方法中，培养基的营养成分、培养温度、培养时间等对检测结果都有很大的影响，一种培养基往往仅能检测出一种或数种能够在该培养基中生存的细菌的数目，这只占实际细菌数量的极少部分，例如通常的平板计数只能检测到水中细菌数目的0.1%～10%，从而大大影响了结果的准确性。表1给出了应用平板计数法对各类水样中的细菌进行计数时，所能检测到的细菌数占实际细菌数的比例。
传统活菌计数方法的上述缺点，在很大程度上限制了其在环境微生物学中的应用范围。另外，水样中的细菌种类繁多，不可能也没有必要在任何情况下都分门别类地对各种细菌都单独培养计数。而且，在实际情况下，一个有限范围内的各种细菌之间不可避免地发生着相互作用，水体的宏观微生物学特性是它们共同作用的结果。而所有的传统技术在培养过程中都将细菌置于偏离它们原来的小环境的、新的人为的操纵条件下，使其形成与原来并不完全相同的群落结构，甚至引起细菌偏离在自然状况下的生理习性，从而不能反映出它们的实际生长情况。因此，通过任何传统活菌计数技术都不能全面客观地认识水体微生物特性。